원고는 물류단지를 분양 받아 패션사업부문에 사용할 물류센터를 짓고 구 지방세특례제한법 제71조 제2항의 감면조항에 따라 취득세를 감면받았습니다. 이후 원고는 2년이 지나지 않은 시점에 패션사업부문을 계열사에 양도하면서, 다만 위 물류센터는 계열사에 양도하지 않고 임대하였습니다.

그런데 구 지방세특례제한법 제94조 제2호의 추징조항은, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우 등에는 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있고, 과세관청은 이러한 추징규정에 근거하여, 원고가 위 물류센터를 직접사용하지 않고 임대하였으므로 감면된 취득세를 추징하여야 한다고 주장하였습니다.